El registro del apartamento estuvo a cargo del FBI, donde los oficiales buscaron pistas, especialmente correos electrónicos y actividad en Internet, que les puedan llevar a conocer los motivos de la masacre.
Un robot de la unidad antiexplosivos comprobó primero que el sospechoso no hubiera dejado ninguna trampa para matar a los investigadores, posteriormente los agentes se introdujeron al apartamento para realizar la investigación.
Juan Carlos Aguiar, reportero de Univisión, entró al apartamento donde habría vivido Omar Seddique Mateen. El recorrido muestra las habitaciones y objetos de uso personal del asesino como una licencia de porte de armas.